Да, возможно. Факт оплаты стоимости квартиры средствами материнского капитала или с помощью субсидии никак не влияет на возможность взыскать неустойку за просрочку передачи недвижимости. Важно, что обязательства перед застройщиком по оплате вами (за вас) исполнены, а ваши взаимоотношении с государством и Пенсионным фондом – это отдельные правовые отношения, которые не являются предметом рассмотрения в споре с застройщиком.